و شکل تاج( ممکن است قابل مشاهده باشند یا در ظاهر )مقاومت و سرعت رشد، مصرف غذا، تولید تخم­مرغ و غیره) دیده نشوند )زهری، 1388).
2-5-1 نژاد­های بومی مرغ در ایران
نژادهای مرغ موجود در ایران به سه گروه تقسیم می­شوند، که عبارتند از:
-1 نژادهای خالص ایرانی
-2نژادهای خارجی که از سال 1333 به ایران وارد شده ­اند و بعضی از آن­ها به صورت بومی در آمده­اند.
3- مرغ­های آمیخته که نمی­ توان آنها را در دسته نژاد معینی طبقه ­بندی کرد )زهری، 1388).
نژادهای خالص مرغان بومی در ایران دو دسته­اند:
الف- مرغان تخمگذار مانند. مرغ زرده کرک، مرندی، حماری، دشتیاری
ب- مرغان گوشتی مانند: مرغ لاری )مخاوات و محب الحجه، 1381).
در شکل 2-1 تصاویر نژادهای مرندی و لاری نشان داده شده است.

مرغ و خروس نژاد لاری

مرغ و خروس نژاد مرندی
شکل 2-1 مرغان بومی ایران
2-6 خصوصيات مهم مرغان بومی
طیور بومی در حدود 80 درصد از گله­های بومی را در آفریقا و آسیا تشکیل می­ دهند. مرغان بومی پتانسیل بالایی برای تنظیم مسئله کمبود پروتئین مصرفی در مقایسه با بیشتر گونه­ های حیوانی دیگر دارند که ناشی از فاصله نسل کوتاه و توانایی آن­ها برای زنده ماندن در شرایط محیطی سخت می­باشد. مرغان بومی با شرایط روستاها سازگاری پیدا کرده و نسبت به بیماری­های منطقه­ای مقاوم هستند، از نظر غذا قانعند و غذای آنها از ضایعات کشاورزی، مازاد غذای روستائیان و پس­چر غلات می­باشد. مرغان بومی معمولاً کوچک، اما فعال هستند )لاگونا^[18]، 2008). عیب طیور بومی در مقایسه با گونه­ های امروزی این است که، طیور بومی عموماً تولیدکنندگان ضعیف گوشت و تخم­مرغ محسوب می­شوند، در بسیاری از کشورهای توسعه یافته، طیور بومی به وسیله سویه­های تجاری جایگزین شدند. در برخی از کشورها این روش برای افزایش بهره دهی تحت سامانه­های روستایی برای دهه­های متمادی دنبال شد، اما در بهبود قابلیت سازگاری ناموفق بود )تکلولد^[19] و همکاران، 2006). با نگاهی به گذشته به خوبی می­توان دریافت که مرغ بومی شایستگی خود را به­خوبی ثابت نموده است. حفظ نژادهای مرغ در ایران و برنامه­ ریزی جهت افزایش تولید و سودآوری آنها امری بسیار ضروری است.

2-6-1مرغ بومی خوزستان
با توجه به شرایط آب و هوایی که استان خوزستان دارد مرغ بومی آن حائز اهمیت می­باشد. برخی از خصوصیات
مرغ ، مرکز مرغ بومی استان خوزستان (شرکت نهاده­های دامی جاهد- مرکز تولید مواد ژنتیکی دام):
منشاء این مرغ­ها از استان­های فارس و کهگیلویه و بویر احمد می­باشد. شامل 5000 قطعه مرغ و 600 قطعه خروس می­باشد. میانگین تولید تخم مرغ به ازای هر مرغ حدوداً 160 تخم در سال می­باشد. طول دوره­ کرچی در این جمعیت حدوداً 12 روز است.
2-7 خون مرغ
گلبول­های قرمز پرندگان به دلیل هسته دار بودن، از پستانداران، متمایز بوده و از نظر اندازه نیز آن­ها بزگتر هستند. گلبول­های قرمز پرندگان، بیضی شکل و هسته دار است. نیمه عمر گلبول قرمز در پرندگان کوتاه و حدود 45-28 روز می­باشد (جونز^[20]، 2015).
2-8 جایگاه کروموزومی
در زمینه ­های ژنتیک و محاسبات ژنتیکی، یک جایگاه کروموزومی (لوکوس)، قسمتی خاص از یک ژن یا توالی دی. اِن. اِی در کروموزوم است. کروموزوم­هایی که دارای آلل­های مختلف از یک ژن خاص در یک مکان هستند، هتروزیگوت در حالی که کروموزوم­هایی که دارای آلل­های مشابه هستند هموزیگوت نامیده می­شوند. مواد توارثی مرغ بر روی 39 جفت کروموزوم واقع شده است. کروموزوم­ها در داخل هسته سلول قرار دارند و حاوی واحدهای توارثی می­باشند (لی نور^[21] و همکاران، 2009).
2-9 توارث تخم­مرغ
تولید تخم­مرغ مثل سایر صفات تحت تاثیر عوامل محیطی و ژنتیکی است. وراثت­پذیری میزان تولید تخم­مرغ متوسط تا پایین گزارش شده و تعداد ژن­هایی که در تخمگذاری مؤثرند فراوان بوده ولی تخم­مرغ­هائی که در طول سال توسط یک مرغ تولید می­ شود به عوامل محیطی مانند تغذیه، نور، دما و مدیریت بستگی دارد. به همین دلیل اصلاح کنندگان رکوردهای خانوادگی را برای به­گزینی این صفت به کار می­برند. میزان وراثت­پذیری تولید تخم­مرغ به صورت مرغ روز معمولاً کمتر از مقدار آن برای تولید تخم به صورت مرغ- لانه و مرغ زنده است (مینگ^[22] و همکاران، 2003).
2-10 میزان تخم­گذاری
هر چرخه تخمگذاری 12 ماه می­باشد. تولید تخم مرغ وقتی به سن 22-18 هفتگی می­رسند بسته به نژاد و فصل آغاز می­ شود (جاکوب^[23] و همکاران، 2011). سرعت تخمگذاری به طول سیکل و توقف کوتاه بستگی دارد. هرچه طول سیکل بیشتر و تعداد روزهایی که مرغ تخم نمی­گذارد کمتر باشد سرعت تخمگذاری و در نتیجه تعداد تخم­مرغ­هائی که در سال گذشته می­ شود بیشتر است )مینت^[24] و همکاران، 2010). با افزایش سن مرغ تعداد تخم مرغ­ها کمتر می­ شود ولی اندازه آن­ها بزرگتر می­ شود. )جانیر^[25] و همکاران، 1987).

2-11 کرچی
کرچی یک پدیده فیزیولوژیکی طبیعی است که در طیور ظاهر می­ شود. در مدت کرچی مرغ روی تخم مرغ­ها می­خوابد و آن­ها را به جوجه تبدیل می­ کند و در این مدت تخمگذاری مرغ متوقف می­ شود. بعضی از نژادها و یا سویه­ها ممکن است در سال چندین بار کرچ شوند و تعدادی نیز آن را به ندرت و یا اصلاً نشان ندهند. از لحاظ فیزیولوژیکی در زمان کرچی ترشح هورمون پرولاکتین افزایش پیدا می­ کند. اگر به یک مرغ هورمون پرولاکتین تزریق شود کرچ می­ شود.
از لحاظ ژنتیکی دو جفت ژن (Aa و Cc) بدنی باعث کرچی می­شوند و در موقعی که دو جفت ژن به صورت غالب وجود داشته باشند مرغ از خود کرچی نشان می­دهد. علاوه بر عوامل ژنتیکی برای بروز کرچی پاره­ای عوامل محیطی نیز مؤثر هستند و باعث تسریع در بروز آن می­شوند. مثلاً تاریک شدن محیط، جمع شدن تخم مرغ در آشیانه و بالا رفتن حرارت محیط باعث بروز کرچی می­گردند. اگر مرغی در سال چندین بار از خود کرچی نشان دهد، تخمگذاری سالیانه آن مرغ کم خواهد شد لذا با انتخاب و به نژادی می­توان به آسانی ژن­های عامل این صفت را حذف نمود (توکلیان، 1378).
2-12 بهبود جوامع حیوانی
هدف از اصلاح دام، بهبود ژنتیکی یک حیوان نیست بلکه هدف، بهبود جوامع حیوانی به منظور بهبود نسل­های بعدی است. برای این هدف متخصصین اصلاح دام دو موضوع مهم انتخاب و آمیزش را مطرح کرده ­اند که هر دو نیاز به تصمیم ­گیری دارد. اولین ابزار برای ایجاد تغییر ژنتیکی توسط متخصصین اصلاح دام، انتخاب و دومین ابزار آمیزش است )بوردن^[26]، 1391). امروزه با توجه به رشد روز افزون جمعيت انساني و نياز به منابع پروتئين حيواني، رشد سريع حيوانات اهلي از اهميت ويژه­اي برخوردار است. پيش بيني ارزش اصلاحي افراد به طور معمول با بهره گرفتن از فنوتيپ انجام مي­شود. با وجود صحت بالاي انتخاب فنوتيپي در پيش بيني ظرفيت ژنتيكي افراد، در برخي صفات نمي­توان از روي فنوتيپ به عملكرد واقعي حيوانات پي برد. امروزه در راستاي حل اين مشكل متخصصان اصلاح دام تلاش مي­كنند تا به كمك روش­هاي ژنتيك مولكولي اطلاعات بيشتري از مكانيسم ژنتيكي صفات اقتصادي به دست آورند و با اطلاعات فنوتيپي تلفيق كنند، تا با انتخاب صحيح­تر و سريع­تر، به روند اصلاح دام سرعت ببخشند. بررسي ميزان تنوع و چند شكلي حاصل از اين ژن­هاي مؤثر در رشد و توليد در حيوانات مي­تواند راهنماي مفيدي براي اصلاح گران دام در زمينه­هاي به­نژادي و انتخاب حيوانات با تولید بهتر و با کیفیت­تر باشد. تحقیقات نشان داده­اند پیشرفت برنامه ­های اصلاح نژادی تا حدود زيادي به ميزان تنوع ژنتيكي در جمعيت­هاي مورد بررسي بستگي دارد، بنابراين شناسايي تنوع نژادهاي بومي كشور و حفاظت آن­ها از وظایف اصلی متخصصین اصلاح نژاد دام می­باشد (محمدآبادی و همکاران، 2010).
شناسايي و استفاده از ژن­هاي مؤثر بر صفات اقتصادي اهميت زيادي در برنامه­هاي به­نژادي حيوانات دارند (مؤذنی و همکاران، 1391).
2-13 نشانگرهای ژنتیکی
نشانگرها به عنوان نشانه­ای برای شناسایی حامل آن صفت مورد استفاده قرار می­گیرند. به طور کلی هر صفتی که بین افراد متفاوت باشد، ناشی از تفاوت موجود بین ردیف دی. اِن. اِ کروموزوم­های آن است که به نتاج منتقل می­ شود. این تفاوت­ها می­توانند به عنوان نشانه یا نشانگر ژنتیکی به کار گرفته شوند (نقوی و حسینی سالکده، 1384).
تنوع در توالی­های دی. اِن. اِ موجودات زنده به شکل­های متفاوتی ظاهر می­ شود. این تفاوت­ها می ­تواند در صفات مورفولوژیکی تجلی یابد یا اینکه در پروتئین­های یک موجود زنده (چه از نظر اندازه یا ساختار فضایی) نمود پیدا کند و یا اینکه از سطح دی. اِن. اِ فراتر نرود. تفاوت­های اخیر را تنها با آنالیز دی. اِن. اِ می­توان ارزیابی کرد.
انواع نشانگرهای ژنتیکی به شرح زیر می­باشند:

1. 1. نشانگرهای مورفولوژیکی

1. نشانگرهای فیزیولوژیکی