…………………………………………….۷۱
چکیده انگلیسی……………………………………………………………………………….……………………………………………………………………………………۷۴
فهرست شکل ها:
شکل ۱-۱ تصویر بخش های مختلف روده بزرگ………………………………………………………………………………………………………۵
شکل۱-۲ نمای کلی روده بزرگ، روده کوچک و معده……………………………………………………………………………………………….۶
شکل۱-۳ درصد فراوانی محل آناتومیک سرطان کولورکتال ………………………………………………………………………………………..۷
شکل۱-۴ درصد فراوانی مراحل سرطان کولورکتال…………………………………………………………………………………………………..۱۲
شکل۱-۵ نقشه ژنتیکی پروتئین ALCAM…………………………………………………………………………………………………………….15
شکل۱-۶ رنگ آمیزی ایمنوهیستوشیمیایی ALCAM در بافت توموری…………………………………………………………………….۱۷
شکل۳-۱ نقشه ژنی پلاسمید Pet28a…………………………………………………………………………………………………………………….24
شکل۳-۲ دستگاه انکوباتور……………………………………………………………………………………………………………………………………۲۵
شکل۳-۳ دستگاه اتوکلاو………………………………………………………………………………………………………………………………………۲۶
شکل۳-۴ دستگاه مولد ولتاژو تانک الکتروفورز………………………………………………………………………………………………………..۲۶
شکل۳-۵ شیکر انکی باتور…………………………………………………………………………………………………………………………………….۲۷
شکل۳-۶ سانتریفیوژ……………………………………………………………………………………………………………………………………………..۲۷
شکل۳-۷ دستگاه تصویر ساز ژل……………………………………………………………………………………………………………………………۲۷
شکل۳-۸ ترموسایکلر……………………………………………………………………………………………………………………………………………۲۸
شکل۳-۹ بن ماری ………………………………………………………………………………………………………………………………………………۲۸
شکل۳-۱۰ کیت استخراج پلاسمید…………………………………………………………………………………………………………………………۳۳
شکل۳-۱۱ کیت استخراج DNA از ژل فرمانتاز………………………………………………………………………………………………………۳۷
شکل۴-۱ شاخص سازی کدون. سمت راست: قبل از بهینه سازی سمت چپ: بعد از بهینه سازی…………………………………..۴۸
شکل۴-۲ میزان فراوانی کدون های بهینه. سمت چپ: قبل از بهینه سازی سمت راست:بعد از بهینه سازی ……………………..۴۸
شکل۴-۳ شاخص سازی محتوای G-C سمت راست:قبل از بهینه سازی سمت چپ: بعد از بهینه سازی………………………..۴۹
شکل۴-۴ترادف ناحیهC2 مورد نظر پس از بهینه سازی کدون های مربوطه جهت بیان در میزبان E.coli………………………49
شکل۴-۵ مقایسه نوکلئوتید بصورت نظیر به نظیر در توالی های اولیه و بهینه سازی شده……………………………………………….۵۰
شکل۴-۶ تائید اندازه ژن سنتز شده به کمک هضم آنزیمی…………………………………………………………………………………………۵۱
شکل۴-۷ نقشه ژنی پلاسمید حاوی DNA ناحیه C2 پروتئینALCAM…………………………………………………………………53
شکل۴-۸ تائید حضور پلاسمید حاوی ژن ناحیه C2 در محصول استخراج پلاسمید…………………………………………………….۵۳
شکل۴-۹ هضم دوگانه آنزیمی پلاسمید تکثیر یافتهPBSK……………………………………………………………………………………….54
شکل۴-۱۰ نقشه ژنی پلاسمید Pet28a………………………………………………………………………………………………………………….55
شکل۴-۱۱ باکتری های BL21(DE3) ترانسفورم شده با Pet28a حاوی ژن ناحیه C2…………………………………………….55
شکل۴-۱۲ تائید حضور پلاسمید Pet28a حاوی ژن ناحیه C2 در باکتری ترانسفورم شده BL21(DE3) ………………….56
شکل۴-۱۳ نتیجه حاصلهاز هضم آنزیمی دوگانه پلاسمید Pet28a حاوی ژن ناحیه C2………………………………………………57
شکل۴-۱۴ بررسی بیان پروتئین ناحیه C2 به کمک تکنیک SDS-Page………………………………………………………….58
چکیده:
همه سرطان ها از سلول ها شروع می شوند به طور طبیعی‌، سلول ها به گونه ای که بدن به آنها نیاز دارد، رشد می کنند و تقسیم می شوند. سلول های جدید زمانی که لزومی به وجود آنها نیست، به وجود می آیند و یا سلول های پیر در زمان مرگ به حیات خود ادامه می دهند. این سلول های اضافی توده بافتی به نام تومور تشکیل می دهند.
سرطان کولورکتال یکی از شایع ترین سرطان های بدخیم در سرتاسر جهان می باشد که میزان ابتلا به آن حدود ۶/۰ می باشد که منجر به مرگ۶۰۰ هزار نفر در سال می گردد. .CD166 به عنوان مارکر سلول های بنیادی سرطان کولورکتال شناسایی و معرفی شده است.که با توجه به بیان آن بر سطح سلول های سرطان کولورکتال در مراحل مختلف بیماری می توان از آن جهت کارهای درمانی و تشخیصی استفاده نمود.
ALCAM مارکر تشخیصی مثبتی برای بقای کلی بیماران مبتلا به سرطان کولورکتال می باشد و شناسایی آن ممکن است به بهینه سازی سیتسم مرحله بندی تشخیصی موجود کمک کند.ALCAM معمولا در سرطان کولورکتال روشن بوده و مارکر تشخیصی مستقل جدیدی می باشد که بر اهمیت ان در پیشروی تومور در سرطان کولورکتال تاکید شده است.

در این مطالعه ما ابتدا سعی بر آن داشتیم توالی مورد نظر را از بانک های اطلاعاتی ژنی استخراج نماییم و سپس از طریق آنالیز بیوانفورماتیکی توالی مورد نظر را از نظر بهترین بیان در میزبان باکتریایی آماده نماییم.ژن مورد نظر از طریق شیمیایی سنتز شده و سپس با بهره گرفتن از فرایند کلونینگ، قطعه ژنی سنتز شده را به کمک پلاسمید بیانی pet-28a درون سیستم پروکاریوتی انتقال داده و تکثیرنموده. در انتها نیز بیان ناحی C2در باکتری های نوترکیب با القاگر مناسب القا می نماییم و وجود پروتئین مورد نظر را به کمک تکنیک SDS-page مورد بررسی قرار می دهیم.
ناحیه C2 می تواند به مانند پروتئین اصلی خاصیت ایمنی زائی داشته باشد. این قطعه ژنی توانایی کلون شدن در میزبان پروکاریوتی را دارا بوده و باکتری قادر است به کمک القاگر مناسب به میزان فراوانی پروتئین مورد نظر را تولید کند. از این جهت می توان از این پروتئین نوترکیب برای تهیه کیت تشخیصی سرطان کولورکتال به واسطه تکنیک الایزا استفاده برد. همچنین می توان با تزریق این پروتئین نوترکیب به عنوان واکسن، سیستم ایمنی فرد را جهت پیش گیری از ابتلا به سرطان تقویت نمود.
واژه های کلیدی:
سرطان کولورکتال، ALCAM، ناحیه C2 پروتئینALCAM ،کلونینگ
فصل اول
مقدمه
۱-۱سرطان چیست
اصطلاح سرطان به تومورهای اطلاق می شود که می توانند به بافت های مجاور خود که از سلول­های سالم تشکیل میشوند حمله کنند توانایی مجاورت و هجوم سلول های توموری عامل طبقه بندی تومورها به دو دسته خوش خیم و بدخیم است اگر یک تومور بدخیم به یک رگ خونی یا لنفی^[۱] برسد می تواند متاستاز ^[۲]دهد ودر بافت های دیگری رشد کند. نئوپلاسم(که معنی آن رشد جدید است) شکل غیر طبیعی رشد سلول­ها است و تومور، نئپلاسمی است که با وضعیت بیمار گونه همراه است، تومور ها بیماری هایی هستند که در آنها جمعیتی از سلول های، که به لحاظ ژنتیکی هم خانواده هستند توانایی رشد نا به هنجار را کسب می کنند(نخعی سیستانی وهمکاران ۱۳۸۹). همه سرطان ها از سلول ها شروع می شوند که واحد سازنده بدن و اساس زندگی محسوب می شوند. سلول ها بافت را می سازند و بافت های بدن، اندام ها را تشکیل می دهند. به طور طبیعی‌، سلول ها به گونه ای که بدن به آنها نیاز دارد، رشد می کنند و تقسیم می شوند. سلول های پیر می میرند وسلول های جدید جای آنها را می گیرند.
گاهی نظم مراحل رشد به هم می خورد. سلول های جدید زمانی که لزومی به وجود آنها نیست، به وجود می آیند و یا سلول های پیر در زمان مرگ به حیات خود ادامه می دهند. این سلول های اضافی توده بافتی به نام تومور تشکیل می دهند.
تومورها خوش خیم یا بد خیم می باشند.
تومورهای خوش خیم سرطانی نیستند.